Pesantren Ramadhan merupakan salah satu kegiatan rutin yang diadakan ketika bulan Ramadhan tiba. Kegiatan pesantren Ramadhan biasa diadakan di Sekolah, mulai dari Sekolah Dasar hingga Sekolah Menengah Atas. Kegiatan pesantren kilat juga diadakan di SD Plus Al Madina Girimulyo Nabire, kegiatan ini dilaksanakan dengan tujuan agar peserta didik dapat meningkatkan pengetahuan tentang keagamaan, seperti keutamaan shalat Dhuha, keutamaan Ramadhan, indahnya berbagi, akhlak bergaul, rukun shalat, rukun puasa dan lainnya.
Kegiatan pesantren Ramadhan diadakan selama 3 hari dimulai pada hari Senin(11/03) sampai hari Rabu(13/03). Tidak sedikit peserta didik yang antusias dalam mengikuti kegiatan ini yang terdiri dari kelas 5 umar, 5 usman, 5 abu Dawud, 6 abu bakar dan kelas 6 abu hanifah. Pelaksanaan pesantren ramadhan ini berlangsung selama 3 hari yang didalamnya terdapat pembukaan yang diisi dengan pembiasaan shalat dhuha, kemudian dilanjutkan dengan penyampaian pematerian dari pemateri dan guru-guru SD Plus Al Madina dengan ice breaking agar peserta didik tidak merasa bosan dan bisa tetap fokus dalam mengikuti kegiatan. Ice breaking yang disuguhkan oleh guru-guru untuk menghilangkan kebosanan dan mengkondusifkan peserta didik diantaranya tepuk puasa. Hal tersebut menjadi salah satu keunikan yang disenangi oleh peserta didik. Di dalam kegiatan tersebut juga diadakan berbagai lomba sehingga anak-anak tambah semangat di dalam mengikuti kegiatan karena akan ada hadiah yang diberikan.